Ένα είναι βέβαιο, πως οι λίμνες της Θράκης είναι εντυπωσιακές, τόσον όσον αφορά το φυσικό περιβάλλον, όσο και για την ποικιλία ζωής που φιλοξενούν. Αποτελούν θώκους βιοποικιλότητας και σημαντικούς σταθμούς για την μεταναστευτική ορνιθοπανίδας όλης της Ευρώπης. Οι δύο σημαντικότερες λίμνες της Θράκης είναι η Βιστωνίδα στα σύνορα των νομών Ξάνθης και Ροδόπης και η λίμνη Ισμαρίδα ή Μητρικού, στο νομό Ροδόπης, μέσα στα όρια του Εθνικού Πάρκου Ανατολικής Μακεδονίας – Θράκης. Πρέπει να σημειώσουμε πως η Βιστωνίδα είναι η μεγαλύτερη λίμνη υφάλμυρου νερού. Μέχρι και τα μέσα της δεκαετίας του ’80 η μεγαλύτερη λίμνη γλυκού νερού της Θράκης ήταν λίμνη Μητρικού, αλλά με τη δημιουργία στραγγιστικής τάφρου και την είσοδο θαλασσινού νερού η σύστασή της άρχισε να αλλάζει. Εκτός αυτών υπάρχει μια πληθώρα μικρότερων υγροτόπων, μόνιμων ή εποχιακών οι οποίοι επικοινωνούν συνήθως με την θάλασσα, σχηματίζοντας σημαντικά υγροτοπικά συστήματα, τα οποία διαδραματίζουν το δικό τους ρόλο στην στήριξη της βιοποικιλότητας και στη διαμόρφωση του μικροκλίματος. Βορειανατολικά της Κομοτηνής, σε απόσταση 13 χιλιομέτρων υπάρχει και η τεχνητή λίμνη της Γρατινής.